Главный герой остросюжетного фильма — Ричард Хэнни. По приезду в Лондон мужчина в мюзик-холле знакомится с девушкой Анабеллой. После прозвучавшего в зале выстрела девушка просит помощи. По ее словам ее преследуют убийцы и ей жизненно необходимо укрытие. Несмотря на то, что Ричард не воспринимает слова Анабеллы всерьез, ночлег решает все-таки предоставить.
Этой же ночью Анабеллу убивают, а Ричард становится главным подозреваемым в убийстве. Перед смертью девушка успела рассказать Ричарду, что является тайным агентом и то, что охота на нее связана с таинственным проектом «39 ступеней». Шеф этого проекта скрывается и единственное, что о нем известно, так это то, что у него нет фаланги мизинца.
Перед убийством Анабелла отметила на карте Шотландии место, в котором по ее мнению хранится разгадка тайного проекта. Ричард отправляется туда, чтоб найти ответы на все вопросы и таким образом доказать свою невиновность.
Но для того, чтоб снять с себя все подозрения Ричарду придется пройти через все круги ада.
